Los secuestradores Mohamed Atta y Abdul Aziz al-Omari pasan por seguridad en Portland International Jetport en Maine a las 5:45 am. Atta y al-Omari abordan un vuelo al aeropuerto internacional Logan de Boston, donde conectan con el vuelo 11 de American Airlines. Otros tres secuestradores se unirá a Atta y al-Omari a bordo del vuelo 11. Menos de dos horas después, los cinco terroristas que secuestrarán el vuelo 77 de American Airlines son grabados en video mientras pasan por el puesto de control oeste del Aeropuerto Internacional Washington Dulles. Tres de los secuestradores, Nawaf al-Hazmi, Khalid al-Mihdhar y Majed Moqed activaron detectores de metales, pero no se encontraron armas. Proceden a la puerta de embarque.

Once tripulantes, 76 pasajeros y cinco secuestradores están a bordo de la nave de American Airline. El avión lleva 76,400 libras de combustible para un viaje a Los Ángeles.

El vuelo de United Airlines lleva nueve miembros de la tripulación, 51 pasajeros y cinco secuestradores están a bordo. El vuelo está cargado con 76.000 libras de combustible.

En una llamada de 25 minutos desde un teléfono de abordo, la asistente de vuelo Betty Ann Ong alerta al personal de tierra de American Airlines sobre un secuestro en curso. Informa que no se puede acceder a la cabina del piloto. Poco antes, un secuestrador apuñaló a un pasajero de primera clase, identificado como Daniel M. Lewin por la tripulación de vuelo, exmiembro del ejército israelí. El Informe Final de la Comisión Nacional de Ataques Terroristas contra Estados Unidos especula que Lewin pudo haber intentado detener a los secuestradores y fue probablemente la primera persona muerta en los ataques.

El vuelo de American Airlines, en ruta a Los Ángeles, despega del Aeropuerto Internacional Washington Dulles, a las afueras de la capital estadounidense. Seis miembros de la tripulación, 53 pasajeros y cinco secuestradores están a bordo del avión que partió cargado con 49,900 libras de combustible.

Los secuestradores apagan el transpondedor del avión, un dispositivo que permite al control del tráfico aéreo identificar y monitorear la trayectoria de vuelo. La asistente de vuelo Ong proporciona los números de asiento de los secuestradores a American Airlines.

Al intentar comunicarse con los pasajeros y la tripulación dentro de la cabina del vuelo 11, Mohamed Atta presiona el botón equivocado, transmitiendo en su lugar al control de tráfico aéreo y alertando inconscientemente a los controladores sobre los ataques. Minutos más tarde, Atta vuelve a realizar una transmisión involuntaria al control de tierra. Al menos una de las transmisiones de Atta es captada por el piloto del vuelo 175, Victor J. Saracini, quien informará a la Administración Federal de Aviación de lo que ha escuchado minutos antes de que su propio avión sea secuestrado.

A esa hora aproximadamente 80 personas asisten a una conferencia de tecnología financiera en el piso 106 de la Torre Norte. Setenta y dos empleados del restaurante han llegado antes del servicio de desayuno de la mañana y la preparación de la conferencia. El World Trade Center, un complejo de edificios comerciales en el bajo Manhattan propiedad de la Autoridad Portuaria de Nueva York y Nueva Jersey, incluye, además de las emblemáticas Torres Gemelas, un hotel, cuatro edificios de oficinas, un centro comercial, una plaza pública y una importante estación de transporte y distribuidor de rutas de buses.

Otra asistente de vuelo 11, Madeline Amy Sweeney, informa del secuestro a un gerente del Aeropuerto Internacional Logan de Boston. Sweeney brinda información clave sobre el secuestro, incluida una descripción de los perpetradores.

Tras escuchar el mensaje que por error transmitieron los secuestradores del vuelo 11 de American Airlines, controladores de vuelo de Boston se comunican con el sector de Defensa Noreste de la Fuerza Aérea, que envía cazas militares para identificar y seguir la aeronave secuestrada.

Con varios minutos de retraso por un problema rutinario de control, parte con destino a San Francisco el vuelo de United Airlines. A bordo van siete miembros de la tripulación, 33 pasajeros y cuatro secuestradores. La aeronave va cargada con 48,700 libras de combustible.

Los cinco secuestradores estrellan el vuelo 11 de American Airlines entre los pisos 93 al 99 del World Trade Center 1 (Torre Norte). Los 76 pasajeros y 11 miembros de la tripulación a bordo y cientos dentro del edificio mueren instantáneamente. El choque corta las tres escaleras de emergencia y atrapa a cientos de personas por encima del piso 91.

Policías, paramédicos y bomberos son enviados inmediatamente a la zona para asistir en las labores de emergencia. Algunos ya se habían dirigido al lugar tras ver el impacto del avión, que para ese momento los ciudadanos que ignoran el desarrollo de los secuestros no saben si había sido accidental o intencional. Tras presenciar el accidente a unas 14 cuadras al norte del World Trade Center, el jefe de bomberos Joseph Pfeifer dirige el despacho del Departamento de Bomberos de la Ciudad de Nueva York (FDNY) para emitir una segunda alarma. Se convoca a 23 camiones, 12 jefes y 10 unidades especializadas para responder a un accidente de avión en "Box 8087", la referencia abreviada del FDNY para el World Trade Center. Se indica a los conductores de vehículos que se estacionen junto a la Torre Norte. El Departamento de Policía de la Autoridad Portuaria (PAPD), responsable de la seguridad y protección del World Trade Center, además de los puentes regionales, túneles, aeropuertos y el Puerto de Nueva York y Nueva Jersey, se moviliza en respuesta al ataque.

Durante una visita a una escuela en Sarasota, Florida, donde promociona su política educativa, el presidente es informado de que un “pequeño avión” ha impactado la Torre Norte del WTD, en lo que se asume en ese momento como un trágico accidente.

El asistente de vuelo Robert John Fangman, se comunicó con un operador de United Airlines en San Francisco, California, y reportó el secuestro en curso.

A través del sistema de megafonía de la Torre Sur, todavía intacta a esa hora, se informa que el edifico es seguro y que la emergencia está limitada a la vecina Torre Sur. Algunas personas que habían empezado la rutina de evacuación son devueltas a sus oficinas al llegar al lobby del edficio. “Su atención, por favor, señoras y señores. El Edificio Dos es seguro. No es necesario evacuar el Edificio Dos. Si se encuentra en medio de una evacuación, puede usar las puertas de reentrada y los ascensores para regresar a su oficina. Repito, Edificio Dos es seguro ": anuncio realizado por un empleado de seguridad contra incendios de la Autoridad Portuaria.

El sargento del Departamento de Policía de la Autoridad Portuaria, Al DeVona emite una orden para que se empiece la evacuación inmediata de las Torres Gemelas.

El capitán del Departamento de Policía de la Autoridad Portuaria Anthony Whitaker, ordena la evacuación de todos los civiles presentes en los edificios del complejo del World Trade Center.

Los pasajeros del vuelo 175 de United Airlines Garnet Ace Bailey, Peter Burton Hanson y Brian David Sweeney llamaron a sus familiares para informarles la situación que estaban vivendo en el avión.

Los cinco secuestradores del vuelo 175 de United Airlines estrellan el avión entre los pisos 77 al 85 del World Trade Center 2 (Torre Sur). Los 51 pasajeros y nueve miembros de la tripulación a bordo del avión mueren inmediatamente, así como un número desconocido de personas dentro del edificio. El impacto inutiliza dos de las tres escaleras de emergencia y corta la mayoría de los cables del ascensor en esta área, atrapando muchos por encima de la zona de impacto y dentro de las cabinas de los ascensores. Poco después, algunos trabajadores en el edificio saltan o caen y mueren, algo que ya había estado ocurriendo en la Torre Norte.

Además de solicitar el cierre del espacio aéreo sobre la ciudad de Nueva York, el Departamento de Policía de la ciudad (NYPD) pide una segunda movilización de Nivel 4, con lo que su despliegue total asciende a casi 2.000 agentes. El Departamento de Bomberos de Nueva York (FDNY) emite una quinta alarma para la Torre Sur y despliega varios cientos de bomberos adicionales al desastre. Compañías adicionales y personal fuera de servicio de toda el área metropolitana son activadas y se les ordena reportarse en el lugar.

Sentado en un aula de una clase de segundo grado en la escuela primaria Emma E. Booker en Sarasota, Florida, el presidente Bush es aproximado por su jefe de personal, Andrew Card, quien le susurró: "Un segundo avión chocó contra la segunda torre... Estados Unidos está bajo ataque". El gesto del presidente recibiendo la noticia dio la vuelta al mundo.

Agentes del Servicio Secreto evacuan al vicepresidente Dick Cheney, al Centro de Operaciones de Emergencia Presidencial debajo de la Casa Blanca.

El avión se estrella contra la fachada oeste del edificio sede del Departamento de Defensa. Mueren los 53 pasajeros y 6 tripulantes que iban a bordo, junto con 125 personas que estaban en el edificio.

Miles de aviones fueron desviados a los aeropuertos más cercanos. Los vuelos civiles serían reanudados dos días después, con una seguridad reforzada en los aeropuertos.

Tras el ataque al Pentágono, se ordena la evacuación de la Casa Blanca (aunque el presidente Bush está de viaje en Florida) y del Congreso, que para ese momento empezaba a sesionar en sus dos cámaras. Otros edificios federales y simbólicos del país son evacuados como precaución.

Se sabe que se realizaron 37 llamadas telefónicas desde el vuelo 93, la mayoría desde la parte trasera del avión. Una de las últimas llamadas la hace el pasajero Edward P. Felt desde su teléfono celular para marcar el 911 encarrado en un baño para evitar ser detectado. El avión vuela tan bajo que Felt logra comunicarse con un operador de emergencia en el cercano condado de Westmoreland, Pennsylvania.

Pese a haber sido la segunda en ser impactada, la estructura cede menos de una hora después del choque del avión.

Por primera vez en la historia de la nación se pone en marcha el Plan de Continuidad Operativa (COOP), el procedimiento diseñado para garantizar la permanencia del gobierno en casos de emergencia en los que ninguno de los altos funcionarios esté presente en Washington DC. El COOP fue establecido en 1998 por el presidete Bill Clinton para mejorar la respuesta del gobierno federal ante posibles vacíos de poder.

El vuelo 93 en un campo cerca de la ciudad de Shanksville en el condado de Somerset, Pennsylvania, después de que los pasajeros y la tripulación asaltaran la cabina. Estaban a unos 20 minutos de vuelo de Washington DC, supuesto destino de los secuestradores. El avión había ido perdiendo altura, por lo que se concluyó que los secuestradores tenían problemas para controlarlo. Fallecen los 33 pasajeros y siete tripulantes a bordo.

El derrumbe altera por momentos la operación de los equipos de rescate, que habían establecido su centro de comando en los bajos del complejo. Decenas de bomberos, policías y paramédicos mueren en el colapso, que los sorprende tratando de evacuar a los ocupantes del edificio.

A la caída de la Torre Sur, el alcalde Rudolph Giuliani y altos funcionarios de su administración encuentran refugio temporal dentro de un edificio de oficinas cercano. A medida que el polvo comienza a asentarse, caminan hacia el norte, con la intención de establecer una nueva base de operaciones para el gobierno de la ciudad. Los reporteros se ponen al día con el alcalde, quien pide evacuar toda la zona. Giuliani establecerá su comando de emergencia en la Academia de Policía de Nueva York por el día.

En dos horas y media, se ha despejado el espacio aéreo de Estados Unidos de aproximadamente 4.500 aviones comerciales y de aviación general. Los pasajeros quedan varados con la cancelación de conexiones. Quienes intentan viajar en tren, autobús o autos de alquiler encuentran que la mayoría de las opciones también se cancelan o se agotan rápidamente. El Air Force One en el que viaje el presidente Bush y su personal se mantiene durante todo el día en busca de lugares seguros. Aterriza en la Base de la Fuerza Aérea de Barksdale, Louisiana, a las 11:45 a.m. Luego hace una escalea en la Base de la Fuerza Aérea de Offutt, en Nebraska. a las 2:50 pm El presidente Bush regresará a Washington esa noche. Aterrizará en la Base de la Fuerza Aérea Andrews y tomará un helicóptero hasta la Casa Blanca.

Una sección inferior de la escalera de emergencia B del edificio resiste el colapso de la estructura y protege a un grupo de 13 socorristas y un civil que había estado intentando evacuar por esa vía. Los socorristas emergen de los escombros y dirigen a los otros rescatistas hacia el civil.

Los rescatistas liberan al empleado de la Autoridad Portuaria Pasquale Buzzelli de los escombros de la Torre Norte. Buzzelli estaba en proceso de evacuación cuando el edificio comenzó a derrumbarse. En algún lugar entre los pisos 22 y 13, Buzzelli se agacha en posición fetal y, horas más tarde, se despierta sobre los escombros del edificio, a unos 15 pies del suelo.

“No haremos ninguna distinción entre los terroristas que cometieron estos actos y los que los albergan”, dijo el presidente desde el Depacho Oval de la Casa Blanca.

Rescatistas encuentran al agente William Jimeno y al sargento John McLoughlin, ambos de la PAPD, heridos pero vivos entre las ruinas. Jimeno es liberado después de tres horas de trabajos de excavación. El rescate del sargento McLoughlin llevará otras ocho horas. En total, serán rescatados 18 sobrevivientes de entre las ruinas del WTC. La última, Genelle Guzman, una trabajadora de la Autoridad Porturaria, será desenterrada de entre los escombros la tarde del 12 de septiembre. 27 horas despúes del colapso de la Torre Norte.